Dokuz Eylül Tıp fakültesinde 1991’de doçent 1996’da Profesör oldu. Amerika, İngiltere, İsviçre ve Belçika’da coclear implant (biyonik kulak) ve kulak mikro cerrahisi konusunda çalışmalarda bulundu. Yurtiçi ve yurtdışı dergiler ile çeşitli kitaplarda basılmış 200’den fazla bilimsel araştırma ve çalışmalarına ait yayınları bulunmaktadır. İngilizce bilen Prof.Dr. Ataman GÜNERİ’NİN ilgi alanları bademcik ve geni zeti ameliyatları, kulak mikro cerrahisi, coclear implant, gırtlak kanserleri, ses teli cerrahisi, baş boyun kanserleri cerrahisi, guatr ameliyatları baş dönmesi, denge bozukluklarıdır.